W styczniu 2017 roku rozstrzygnięto konkursu na koncepcję architektoniczną Muzeum Żołnierzy Wyklętych i Więźniów Politycznych PRL. Celem konkursu było uzyskanie jak najlepszej pod względem przestrzennym, funkcjonalnym oraz architektonicznym koncepcji modernizacji wnętrz w istniejących obiektach więziennych oraz ich ewentualnej rozbudowy na cele związane z działalnością Muzeum.

Do konkursu zgłosiły się 73 zespoły, a ostatecznie wymogi regulminowe wypełniło 20 projektów. Zwycięską pracę przedstawił zespół M.O.C. Architekci z Katowic. Zakłada on przywrócenie historycznego wyglądu obiektów więziennych z przełomu lat 40. i 50. dwudziestego wieku. Całość zostanie symbolicznie zwieńczona przez cztery monumentalne wieże o wysokości 28 metrów. Każda z nich otrzyma nazwę: Bóg, Honor, Ojczyzna, Wolność. Nazwy te mają nawiązywać do najważniejszych wartości przyświecająjcych Polakom walczącym z systemem komunistycznym.
W ramach całego kompleksu cztery budynki zostaną w całości zaadaptowane na cele wystawiennicze i powstanie w nich wystawa stała. Po wschodniej strony działki, na której będzie zlokalizowane Muzeum, powstanie strefa przeznaczona na organizowane uroczystości. Głównym elementem muru pamięci będzie historyczna tablica upamiętniająca osoby zamordowane w mokotowskim wię zieniu w okresie stalinizmu, znajdująca się obecnie na zewnętrznym murze więzienia. Dopełnieniem dla muru pamięci będą kolejno dodawane tablice upamiętniające wszelkie postawy walki z systemem komunistycznym oraz ofiary komunistycznego reżimu.

Jedną z części Muzeum będzie Centrum Edukacyjne, które po wstanie w budynku dzisiejszej drukarni. W jego ramach zostanie zaprojektowanych siedem sal konferencyjno-edukacyjnych, w których będzie można prowadzić różnego rodzaju warsztaty, lekcje muzealne czy konferencje naukowe. Dopełnieniem dla Centrum Edukacyjnego będą sala kinowa oraz sala audytoryjna w podziemnej części Muzeum.